В новом сезоне события будут разворачиваться одновременно в двух реальностях. В первой все происходит так, если бы рейс 825 не потерпел крушения. Здесь Кейт удалось сбежать от судебного пристава и начать нормальную жизнь. Мистер Локк работает школьным учителем, и очень доволен своей работой. Джек, который так сильно переживал за тело своего отца, узнает, что оно было потеряно. Поэтому все свободное время он тратит на своего сына. Казалось бы все хорошо, но это не совсем так. Ведь существует еще и вторая реальность, в которой большинство обитателей острова были убиты, после чего выжившие вновь вернулись на остров только в наше время. Но их все так же не прекращают тревожить виденья и призраки, которые открывают новые факты их пребывания на острове. Как оказалось, это все было спланировано с самого начала, ведь их отбирали для специальной миссии. А это значит, что на острове должен остаться только 1. Кто же им станет? И что это за задание такое, ради которого погибло столько людей?