Прошло уже долгих полтора месяцы с того момента, как обычные люди оказались на безлюдном острове. Правда, за это время успело многое измениться. Ребята узнали, что есть и другие выжившие, которые находились в хвостовой части самолета, и теперь они всеми силами пытаются остаться в живых. Ведь, как оказалось, они совсем не одни на этом острове. Здесь обитают загадочные Другие, которые в любой удобный момент пытаются убить выживших. А еще в лесах водятся странные звери, которые тоже не отличаются особой добротой. В общем, с каждым днем становиться все тяжелее и тяжелее, и вопросов, на которых еще нет ответов, становится еще больше. Но, неожиданно, новый глава выживших, которым оказался Доктор Джек, бывшая преступница Кейт, а также старик, который удивительным образом исцелился, обнаружили таинственный бункер внутри острова. Именно там они и получили множество ответов на свои вопросы, но появились и новые. К примеру, кто построил этот бункер и зачем? А также, почему через определенное время в компьютер вводится какой-то код?