Действия происходят в начале 40-х годов прошлого века в США, когда руководство страны отдало приказ о начале секретного испытания ядерного оружия. Все события разворачивались в небольшом городе под названием Лос-Аламос, который на период проведения экспериментов превратился в строго охраняемую территорию. В запретную зону пускали исключительно учёных. Некоторые профессора, лишь оказавшись в пункте назначения, смогли узнать цель собственного визита, так как правительство хранило в строжайшей тайне всё, что касалось уникальных разработок. Проект проходил в подпольной лаборатории и возглавлял его один опытный исследователь Роберт Оппенгеймер. Во втором сезоне сериала «Манхэттен» рассказывается, как главные герои приступили к выполнению поставленной задачи. Вся учёная команда жила в жутко напряжённых условиях. Дело в том, что они не имели права делиться информацией, как с посторонними, так и с членами своих семей. В каждом доме воцарилась атмосфера сплошной скрытности и лжи. Это, безусловно, приводило к ухудшению взаимоотношений и большим семейным трудностям. Специалисты превратились в заложников ситуации, выполняя свой долг и борясь с моральными принципами.