В шестом сезоне жизнь главных героев, практически, не изменится, ведь им придется, как и раньше, спасать свою планету. В этот раз все намного опаснее, и они вряд ли смогут самостоятельно справиться с такой угрозой. Именно поэтому Джек приказал команде воспользоваться старой, но непроверенной технологией, которая может спасти Землю. Он неуверен, что все сработает именно так, как нужно, поэтому просто верит, что это поможет. А тем временем Джонас Квинн очень расстроился, после того, как ему отказали в поступлении на SG-1. Тем не менее, он собирается продолжать бороться, чтобы доказать всем свой профессионализм. И пока люди решают свои проблемы, Реек понял, что в смерти его любимой жены виноват только его отец. Именно поэтому он объявляет войну своему народу, и собирается с ними сражаться…