События, произошедшие в предыдущем сезоне, стали очень трагичными для агента Тони Диноззо, ведь в последних сериях восьмого сезона, он попал в ужасную перестрелку, в ходе которой был подстрелен, но в то же время и он сам застрелил офицера морской полиции. Многие, в том числе и Гиббс, считают, что Тони был в состоянии эффекта, ведь он ничего не помнит, что с ним произошло. По крайней мере, так думает Гиббс, но на самом деле все было спланировано. Как оказалось, у Тони было специальное задание - проследить за агентом, который предал США, и, вследствие словесной перепалки, Тони был вынужден стрелять. Также, главным врагом морской полиции в девятом сезоне станет профессор Харпер Диринг, сын которого погиб на флоте. Он не смог перенести эту потерю, и начал винить в этом главных героев. В одном из эпизодов, он похищает Директора Вэнкса, чтобы заложить в его машину взрывчатку и взорвать офис морской полиции, что он, собственно говоря, и сделал...